來(lái)自瓦倫頓政治大學(xué)(UPV)分子識(shí)別與技術(shù)發(fā)展研究所(IDM)和牛津大學(xué)的一個(gè)團(tuán)隊(duì)開發(fā)了一種新的軟件，在許多其他應(yīng)用中，它有助于設(shè)計(jì)用于藥物封裝的分子盒。

這個(gè)名為CageCavityCalc (C3)的軟件明確地允許自動(dòng)計(jì)算和可視化生物應(yīng)用中使用的分子盒的腔大小，例如用于抗癌藥物的管理。這項(xiàng)研究發(fā)表在《化學(xué)信息與建?！冯s志上。

Vicente Martí-Centelles解釋說(shuō):“CageCavityCalc軟件使用了一種新穎的算法，可以計(jì)算分子盒的空腔大小和疏水性和靜電勢(shì)等特性，這為優(yōu)化分子盒的設(shè)計(jì)提供了關(guān)鍵信息，分子盒容納藥物，使其隨后以最有效的方式釋放到生物體內(nèi)。”

分子盒還用于傳感器和分子識(shí)別、催化等其他應(yīng)用。它們最優(yōu)功能的關(guān)鍵在于它們的內(nèi)部腔，這樣它們就可以封裝宿主分子并調(diào)節(jié)它們的性質(zhì)。

“然而，如今，設(shè)計(jì)具有特定屬性的盒子是具有挑戰(zhàn)性的，而幫助預(yù)測(cè)屬性的軟件開發(fā)是必不可少的。我們的工作就是為了應(yīng)對(duì)這一挑戰(zhàn)?！盡artí-Centelles說(shuō)。

根據(jù)IDM研究人員的說(shuō)法，到目前為止，分子特性和空腔的計(jì)算需要使用基于“命令行”的軟件，并由用戶調(diào)整參數(shù)。

另一方面，CageCavityCalc有一個(gè)圖形界面，允許非專業(yè)人員使用該工具，而不需要計(jì)算機(jī)編程技能。此外，型腔計(jì)算是完全自動(dòng)化的，這避免了需要參數(shù)調(diào)整來(lái)執(zhí)行計(jì)算。

“CageCavityCalc軟件的主要優(yōu)點(diǎn)是它的效率，使用簡(jiǎn)單，而且它是免費(fèi)和開源的。它簡(jiǎn)化了空腔計(jì)算，從而促進(jìn)了具有不同應(yīng)用的正確屬性的新功能分子盒的開發(fā)。

“簡(jiǎn)而言之，它極大地簡(jiǎn)化了這些盒子的設(shè)計(jì)，同時(shí)優(yōu)化了它們的操作，”Martí-Centelles總結(jié)道。